Научная библиотека является структурным подразделениемГБУ РК «Восточно-Крымский ИКМЗ» и содействует удовлетворению профессиональных и социокультурных потребностей пользователей.
История научной библиотеки неразрывно связана с историей Керченского музея древностей, основанного в 1826 г. французом по происхождению, археологом-исследователем Полем Дюбрюксом. Библиотека была организована не позднее 1835 г. вторым директором музея А.Б. Ашиком и состояла первоначально из 15 книг стоимостью 825 руб.
В следующие несколько десятилетий комплектование было скромным, главным образом, за счет европейской литературы по античности, отечественных изданий по истории и археологии, дарственной литературы. Тем не менее, стараниями директоров Керченского музея древностей Ю.Ю. Марти, А.Е. Люценко, С.А. Веребрюсова и Ф.И. Гросса фонд библиотеки пополнился ценными изданиями, составившими ядро книжной коллекции. Так, в состав фонда вошел известный труд А.Б. Ашика «Боспорское царство» в 3-х частях, издания Императорской археологической комиссии и Одесского общества истории и древностей. Был приобретен великолепный трехтомник «Древности Боспора Киммерийского», выпущенный в Санкт-Петербурге в 1854 г. тиражом 200 экз. и сразу же ставший библиографической редкостью. Ценным вкладом в библиотеку был дар вдовы генерала Н.Н. Раевского-младшего А.М. Раевской (Бороздиной) – выпуски издания «Пропилеи. Сборник статей по классической древности», издаваемый П. Леонтьевым. К 1891 г. фонд библиотеки насчитывал 135 изданий.
В последующие годы фонд продолжал комплектоваться литературой по классической филологии, археологии и нумизматике, истории искусства. Директора музея К.Е. Думберг и В.В. Шкорпил тесно сотрудничали с различными научными учреждениями и организациями. Книги поступали из Императорской Археологической комиссии, Императорской Академии Наук, Русского Археологического общества, Русского Географического общества, Таврической ученой архивной комиссии, различных музеев: Кавказского, Кубанского, Екатеринодарского, Естественно-исторического музея Таврического Губернского земства. Свои труды Керченскому музею дарили выдающиеся исследователи античности: С.А. Жебелев, Ю.А. Кулаковский, В.В. Латышев, В. Мальмберг, немецкие ученые Г. Драгендорф и А. Бек. В этот период частыми становятся дары в библиотеку музея от просвещенных граждан Керчи: А.В. Новикова, владельца поместья в Эльтигене, археолога-любителя, члена Одесского общества истории и древностей; доктора М.Г. Сегеля; жены керченского купца Ю.И. Томазини; П.В. Фрейберга, преподавателя древних языков Керченской Александровской гимназии, а затем – директора городского банка; В.П. Цехановского, ротмистра пограничной стражи. Дарили книги библиотеке и сами директора музея. Императорская Археологическая комиссия, в ведомстве которой находился Керченский музей древностей, выделяла достаточные средства на приобретение книг в книжных магазинах крупнейших российских и европейских городов: Петербурга, Киева, Одессы, Риги, Варшавы, Лейпцига. Таким образом, в 1918 г. научная библиотека Керченского музея древностей насчитывала 1048 книг. В 1920 г. собственностью музея стала личная библиотека директора В. В. Шкорпила (ок. 1000 изданий).
В 20-е годы прошлого столетия фонд библиотеки значительно возрос за счет литературы из библиотек учебных заведений, общественных и религиозных учреждений, упраздненных советской властью: Керченской Александровской мужской гимназии, Керченско-Еникальской общественной женской гимназии, Александро-Невской церкви, Керчь-Еникальской церкви, Керченской синагоги.
Серьезный урон Керченскому музею и научной библиотеке был нанесен в период Великой Отечественной войныв результате оккупации Керчи и военных действий на территории города. Имущество музея, эвакуированное в г. Армавир, было уничтожено пожаром во время бомбардировки города немецкой авиацией. В эвакуационных ящиках № 18, 19 находилось, согласно описи, более 25 ценнейших книг из библиотеки Керченского музея. После войны лишь немногое из этой описи удалось восстановить из других источников: библиотеки Эрмитажа, Института истории материальной культуры, библиотеки профессора И.М. Саркизова-Серазини, путем приобретения. Многие книги, в частности «Досуги крымского судьи, или второе путешествие в Тавриду» П. Сумарокова, изданная в Санкт-Петербурге в 1803–1805 гг., погибли для Керченского музея безвозвратно. Значительное количество изданий, оставшихся на территории города, исчезло или было повреждено во время боевых действий. Наполовину уничтоженная, к концу 1944 года библиотека насчитывала 3876 томов.
В послевоенные годы велась активная работа по организации и упорядочению фонда: осуществлялась классификация и систематизация литературы, аналитическая роспись периодических и продолжающихся изданий, организация справочно-информационного аппарата. Увеличилось количество пользователей библиотеки. Активно использовался межбиблиотечный абонемент: ежемесячно музей получал до 40 книг из библиотеки им. В.И. Ленина и Московской исторической библиотеки. Фонд библиотеки к 1949 году насчитывал 6570 книг.
В 50-е годы библиотека, подвергшаяся расхищению в период войны, активно использовала для восполнения лакун систему обменных фондов. Так, в 1953 г. из 1221 экземпляра новых книг 1098 экз. поступило из обменного фонда Крымского областного музея и только 123 – путем приобретения в книжных магазинах г. Керчи. За счет книг, поступивших из обменного фонда, библиотека пополнилась многими недостающими или утраченными изданиями, а также монографиями, сборниками и статьями по древней истории и археологии.
Во второй половине ХХ века комплектование библиотеки носило систематический характер: заполнялись и отсылались тематические заявки на книги по археологии и истории Северного Причерноморья, распространяемые московской «Академкнигой»; регулярно поступали в библиотеку такие профильные продолжающиеся издания, как Материалы и исследования по археологии, Советская археология, Краткие сообщения института истории материальной культуры. Основное внимание при пополнении библиотеки музея уделялось тому, чтобы приобретать всю выходящую в тот период отечественную литературу по античности.
С 2001 г. библиотека приступила к созданию электронного каталога, раскрывающего состав и содержание библиотечного фонда и позволяющего осуществлять многоаспектный информационный поиск. Электронный каталог организован на основе автоматизированной библиотечно-информационной системы ИРБИС-64 и содержит библиографические записи на книги, периодические и продолжающиеся издания, а также статьи из них.
Неотъемлемой частью справочно-поискового аппарата является система традиционных каталогов и картотек: алфавитный, систематический, краеведческий каталоги; именной каталог публикаций археологов-исследователей; картотека продолжающихся и периодических изданий; картотека оттисков, авторефератов диссертаций; картотека публикаций сотрудников в периодических и научных изданиях.
Помимо выдачи литературы, библиотека осуществляет справочно- и информационно-библиографическое обслуживание, организует тематические книжные выставки и выставки новых поступлений, осуществляет подбор литературы к выставкам, организуемым в залах музея, проводит работу по комплектованию фонда и обеспечению его сохранности. Фонд библиотеки насчитывает около 45 тыс. единиц хранения. Приоритетными направлениями в деятельности научной библиотеки являются внедрение новых информационных технологий и автоматизация традиционных процессов, работа по сохранению фондов как части национального культурного наследия.