Основан в последней четверти VII в. до н.э. Около 480 г. до н.э. Пантикапей стал столицей Боспорского царства, объединив территории нынешнего Керченского и Таманского полуостровов, а также нижнего Дона. На вершине горы Митридат – Акрополе Пантикапея – некогда находились величественные храмы и резиденция Боспорских царей. Здесь окончил свою жизнь легендарный правитель Понтийской державы, злейший противник могущественного Рима царь Митридат VI Евпатор. Пантикапей как столица прекратил своё существование в 370-е гг. н.э. после гуннского нашествия.
Уже более 70-ти лет археологические раскопки ведутся Боспорской экспедицией ГМИИ им. А. С. Пушкина. В разные годы экспедицию возглавляли В. Д. Блаватский (1945-1957 гг.), Н. И. Сокольский (1958 г.), И. Д. Марченко (1959- 1976 гг.). С 1977 г. раскопками руководит В.П. Толстиков.